Vigilancia genómica

El Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación conformó un consorcio de investigadores a fin de realizar estudios genómicos del SARS-CoV-2, analizar la circulación del virus, sus variantes y los principales brotes. Este es un insumo relevante para la toma de decisiones de la política sanitaria.

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En tiempos de pandemia, en la Argentina se están haciendo alrededor de 150 estudios genómicos completos por semana de muestras del SARS-CoV-2, con el objetivo de conocer la diferentes variantes que hay en el país y de qué manera podría impactar su distribución en la circulación de la enfermedad.

En ellos trabaja un equipo coordinado por la investigadora Mariana Viegas, del Laboratorio de Virología del Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez de la Ciudad de Buenos Aires, quien está especializada en análisis genómico de virus respiratorios y, a principios del año pasado, fue convocada por el MINCYT para conformar el Consorcio interinstitucional para la Secuenciación del genoma y estudios genómicos de SARS-CoV-2 (Proyecto PAIS), para estudiar en profundidad el virus que recién empezaba a circular en todo el mundo.

En diciembre, cuando empezamos a saber más sobre las variantes más transmisibles, surgió la necesidad de hacer una tarea de vigilancia y de secuenciación de muestras”, explicó Mariana Viegas.

En abril de 2020 se pudieron analizar los primeros 26 estudios genómicos de SARS-CoV-2 en su laboratorio. Más adelante, se conformó una red federal que hoy está conformada por 41 laboratorios de diagnóstico PCR y 9 laboratorios de estudios genómicos ubicados en la Ciudad y la Provincia de Buenos Aires, Santa Fe, Tierra del Fuego, Córdoba, Neuquén y, más recientemente, en Chaco.

Allí se realiza un trabajo de secuenciación masiva de las muestras, que luego debe ser procesado por especialistas en bioinformática –una tarea que exige grandes capacidades computacionales y que demanda varios días– y analizados por virólogos especialistas en evolución molecular, que analizan el contexto evolutivo de los casos. Posteriormente, la información es enviada a los responsables del estudio epidemiológico de cada región, para el análisis de los potenciales riesgos para la población y la elaboración de recomendaciones para quienes toman las decisiones sobre la política sanitaria.

“En diciembre, cuando empezamos a saber más sobre las variantes más transmisibles, surgió la necesidad de hacer una tarea de vigilancia y de secuenciación de muestras, con el objetivo de identificar las variantes que generan más preocupación. Es un trabajo arduo: antes todos pedían que había que hacer más testeos, y ahora nos piden cada vez más estudios genómicos, pero no están entendiendo la complejidad de hacerlo, por eso tenemos que explicarlo más”, le dijo Viegas a TSS.

Los estudios no son al azar, sino que, de cada laboratorio de diagnóstico, se toman aproximadamente un 5% de muestras para conocer la evolución regional. Si bien la información que se obtiene no es relevante para quienes se contagian, ya que el tratamiento y los cuidados son iguales, sí lo es para la política sanitaria, ya que permite contar con insumos para decidir sobre, por ejemplo, qué restricciones a la circulación hay que tomar. Las variantes que generan mayor preocupación, según la Organización Mundial de la Salud (OMS), son las de Reino Unido, Manaos y Sudáfrica, ya que han mostrado más trasmisibilidad. En la Argentina hay un linaje particular, denominado N.3, que, aunque es característico, no presenta diferencias significativas con respecto a las variantes iniciales del virus detectado en China, Europa o Estados Unidos durante el año pasado.

El Consorcio PAIS encontró muestras de la variante de Reino Unido en personas sin antecedentes de viaje, en las primeras semanas de febrero, en la Ciudad Autónoma de Buenos Aires y en el conurbano bonaerense en un 1% de las muestras. Y en las últimas semanas del mes de marzo ya se encuentran entre el 5 y el 7% de las muestras de esta región. “Esa forma de evolución de frecuencia se ha visto que progresa de la misma manera en otras partes del mundo adonde ahora es un problema. En los lugares donde empezó así, en un mes y medio pasó a conformar un 50% de los casos detectados”, afirmó Mariana Viegas.

Respecto de la variante de Manaos, se han encontrado tres casos, de los cuales uno tiene nexo con el otro, pero los otros dos no tienen antecedentes de viaje ni saben cómo se contagiaron. “Todavía no podemos decir que haya circulación comunitaria, porque uno debería verlo sistemáticamente todas las semanas, secuencia a secuencia, como ocurrió con la variante de Reino Unido. Por eso, hay que maximizar el alerta y cuidarse. Yo no entiendo por qué se están yendo todos de vacaciones en estos cuatro días, pero no soy tomadora de decisiones, soy científica y nuestro grupo informa con objetividad lo que encontramos”, dijo Viegas.

En momentos en que va aumentando la inmunidad de ciertos sectores de la población que fueron vacunados, la vigilancia genómica del virus cobra mayor importancia, según Viegas. “Estamos enfrentando variantes más transmisibles y que generan más cantidad de casos en menos tiempo, pero no quiere decir que las otras no sigan generando casos y muertes. Hay gente que se contagió y genera inmunidad, están quienes no tienen una inmunidad completa, empieza a haber vacunados y la gente se relaja. Entonces, las nuevas mutaciones del virus se encuentran con una población más relajada”, dijo la especialista.

Toda la información genómica generada por el Consorcio PAIS es compartida con el GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data), una base de datos global sobre genética de los virus de influenza y coronavirus. Esta base de datos permite proteger la autoría de los datos de manera que, si alguna farmacéutica o grupo de investigación necesita utilizarlos, puede hacerlo reconociendo a sus autores. Esta característica del sistema hizo que muchos países sumaran información a la base y se pudiera ampliar el conocimiento sobre el virus y sus variantes.

“El consorcio depende del Ministerio de Ciencia como un servicio para el Ministerio de Salud, que necesita información sobre la circulación de variantes del virus. Los que formamos parte del Consorcio PAIS lo hacemos de forma desinteresada, a nosotros no nos pagan por este proyecto específico. Yo soy investigadora del CONICET, tengo becarios en otras temáticas y además dedico mi tiempo a esto, al igual que otras personas. Hay gente que podría haber dicho: “Yo sigo con mi línea de investigación”. Sin embargo, han puesto toda su energía al servicio de este proyecto”, dijo Viegas.

Por Matías Alonso / Agencia TSS – https://www.unsam.edu.ar/tss